Istorijos fondai klasifikuojami į:
Numizmatika
Raštija
Fotografija
Istoriniai daiktai
Numizmatikos rinkinį sudaro monetos, popieriniai pinigai, monetų lobiai. Viso rinkinyje 3712 vienetų eksponatų. 1966 ir 1982 m. į muziejaus fondus pateko dalis Labanoro lobio, kuris buvo rastas Labanoro kaime šalia kapinių. Muziejuje saugoma šio lobio 4 denarai, 174 Vaclovo IV Prahos grašiai, 4 Karolio I Prahos grašiai.( Inv. Nr. GEK-2892, GEK-9870-9872, GEK- 9921-9923, GEK-9940-9942). Prahos grašiai a. buvo viena iš pagrindinių piniginių vienetų Lietuvoje, naudoti kartu su lydiniais stambiems sandėriams.
Fonduose saugomas ir kitas lobis, rastas Trakų kaime, Pervieniškių apylinkėje. Tai Žygimanto III Vazos pusantrokai – 102 vnt. ir trečiokų, daug rusiškų Michailo Fiodorovičiaus ir Aleksiejaus Michailovičiaus kapeikų – 100 vnt., Prūsijos pinigų – Gustavo II Adolfo, Georgo Vilhelmo, Kristinos pusantrokų. Viso Trakų lobyje 246 monetos.(Inv. Nr. N-2481 –100, N-2878 –1-146). Lobis buvo paslėptas Žecpospolitos karo su Rusija laikotarpiu (1654-1667m.).
Didžiausią dalį numizmatikos rinkinio sudaro carinės Rusijos ir Lenkijos monetos ir banknotai.
Retesnės monetos Žygimanto Augusto pusgrašis 1546 m., Jono II Kazimiero Vazos grašis.
Raštijos fondų rinkinį sudaro dokumentai, rankraščiai, periodika, spaudiniai, žemėlapiai.Viso 2035 vnt.
Vertingesni eksponatai – Švenčionių parapijos krikšto metrikų knyga( 1686 – 1695m.)( Inv. Nr. R- 247), Vydžių dvaro rinkliavos žiniaraštis l780m. (Inv. Nr.R-l404) , Labanoro dvaro planas (Inv.Nr. R-256).
Įdomi senų atvirukų kolekcija, atspindinti Švenčionių miesto istorijos puslapius.
Iš senesnių žemėlapių galima paminėti Vilniaus srities žemėlapį 1924 m.(Inv. Nr.R-361), Vilniaus apygardos žemėlapį l928 m.(Inv.Nr. R-6).
Raštijos fondams priskiriami eksponatai, atspindintys atskiras religines bendruomenes. Pvz. 19 – 20 amž. Lietuviškų maldaknygių kolekcija, tame tarpe ir maldaknygės išleistos spaudos draudimo metais, šventų paveikslėlių kolekcija, žydiška tora (Inv. Nr.R- l537).
Retesni periodiniai leidiniai – laikraščiai „Sviencianskij listok“ (Inv. Nr. R- 706),
„Zycie Sviecianskie“ (Inv. Nr. R- l533), žurnalą „Glos Sviencianskiej szkoly rolniczej“ (Inv. Nr. R- l535) , žurnalų rinkinį „Zycie tatarskie“.
Kita nemaža eksponatų grupė yra istoriniai (istorijos skyrius)daiktai. Vertingi l863 m.sukilimo ginklai – buožė, šakės, dalgis. (Inv. Nr. GEK- l009, GEK-l0l9, GEK- l007). Rinkinyje yra I-ojo pasaulinio karo vokiečių ir rusų kareivių ginklai jo pasaulinio karo ginklai – automatai, kulkosvaidis ir kt..
Šiam rinkiniui taip pat priskiriami dvarų ir miestelėnų namų apyvokos daiktai – vazos, porcelianas, stiklo, vario dirbiniai, virduliai. Iš įdomesnių baldų galime paminėti neoromantinio stiliaus bufetą iš 19 a.(GEK-3322), rūbų spinta 20 a. pr. (GEK-882), knygų spinta (GEK-879), kraičio skrynia iš Medišonių dvaro (GEK- ).
Šiam rinkiniui priklauso ir daiktai, turintys memorialinę reikšmę. Tai profesoriaus Č.Kudabos asmeniniai daiktai, ilgiausiai nepasidavusio Lietuvos partizano S.Guigos radijo imtuvas ir ausinės, daiktai iš žydų sušaudymo vietios Linkmenyse. Istorijos rinkiniui priskiriami įvairūs rūbai – sovietinės okupacijos laikotarpio milicininkų uniformos, politinių kalinių apranga.
Fonduose saugomi įvairūs daiktai iš pramonės įmonių, gaminamos produkcijos pavyzdžiai.
Išskirtinesni eksponatai – kaplys mirusiems nuo maro (1864-1865) į duobę traukti (GEK-979), sandėlio prižiūrėtojo lazda 19a. (GEK-1126), krivulė (GEK-980), sovietmečio suvenyras – cukrinis Leninas.
Didžiausias istorijos skyriaus fondų rinkinys yra fotografijos– 7005 vnt. Šiam rinkiniui priskiriama fotografijos, negatyvai, stiklo negatyvai. Stiklo negatyvai yra įsigyti iš Ulozo –75 vnt. (Inv. Nr. F- l52 –157, F- 438 – 476, F-1546 –1583). Iš kraštotyrininko Ignoto Šilkinio – 27 vnt. Pastarieji turi ypatingą reikkšmę. Juose užfiksuoti unikalūs vaizdai – Švenčionėlių medinė bažnyčia, vokiečių kareiviai Švenčionių apylinkėse Pirmojo Pasaulinio karo metu, Cirkliškio dvaro vaizdai 20 a. pradžioje. Muziejaus fonduose saugoma ir senoji fotografija. Tai daugiausia portretinės nuotraukos bei fotografijos atspindinčios įvairias šventes. Įdomi senoji fotografija, atskleidžianti švietimo istoriją. Fotografijos svarbios Švenčionių gimnazijos istorijai – pvz., gimnazijos direktorius Aleksandras Rymas, senosios gimnazijos pastatas ir kt.
Naujesnio laikotarpio (sovietmečio, atgimimo periodo) negatyvai daugiausia įsigyti iš rajono fotografų A. Cimbolaičio ir A. Jakšto.
Muziejuje istorijos skyriuje saugomas ir vienas istorinis archyvas. Tai LLA „Tigro“ rinktinės štabo partizanų archyvas, rastas 1999 m. liepos 15 d. Antanų girioje, aliumininiame bidone, tiesiant kelią prie Lietuvos ir Baltarusijos sienos. Dokumentai žemėje išgulėjo apie 47 metus. Tai rinktinės štabo vado įsakymai, partizanų ir jų ryšininkų raportai, įvairios instrukcijos, laiškai, „Vytauto“ apygardos štabo įsakymai. Taip pat susirašinėjimo korespondencija, laikraščiai, atsišaukimai. Viso 853 dokumentai, tame tarpe 22 sąsiuviniai, kuriuose rinktinės vado Vinco Žaliaduonio „Roko“ memuarai, 1948, 1949 ,1950 m. kronikos. Dauguma dokumentų 1948, 1949 m. Ant daugelio iš jų yra grifas slaptai. Tai įrodymas apie partizanų griežtai kariškai organizuotą struktūrą, pavaldumą, ginkluotas kovas. Ekspozicijoje panaudotos ir fonduose saugomos dokumentų kopijos, originalai perduoti saugojimui į Lietuvos Ipatingąjį archyvą. Tyrimui reikšmingi partizanų sąrašai, kuopų vadų raportai, atspindintys aršių sovietinių pareigūnų naikinimą, kolchozų darbo trukdymą, skaityklų naikinimą.
Chronologiškai istorinė medžiaga skirstoma taip:
a) iki 19 amž.
b) 19 – 20 a. pradžia
c) l918 – 1940 m.
d) 1941 – 1953 m.
e) 1954 – 1989 m.
f) nuo 1990 m.
Iki 19 amž. Istorinės medžiagos turime nedaug. Medžiaga atspindi carinės Rusijos okupaciją krašte, 1831 ir 1863 m. sukilimus, švietimą rusų ir žydų kalbomis, 1905 m.nacionalinį – išsivaduojamąjį judėjimą. Nemažai medžiagos turime apie Pirmojo Pasaulinio karo metus. Tai ginklai, kareivių asmeniniai daiktai, dokumentai, nuotraukos. Išlikusi medžiaga apie atskirų revoliucinių komitetų veiklą 1918 – 19 m. Lenkų okupacijos laikotarpiui 1920 – 39 m. sukaupta charakteringa medžiaga atspindinti ekonominę krašto padėtį, lenkinimo politiką, švietimą ,lietuviškų draugijų veiklą. Kruopščiai buvo kaupiama medžiaga apie Antrojo pasaulinio karo įvykius Švenčionių krašte, karo dalyvius, partizanus. Didžiausia istorinės medžiagos dalis apima antrosios sovietinės okupacijos metus, tai medžiaga apie sovietinius represinius organus, kolektyvizaciją, pramonę, kultūrą ir kt.
1988 m. demokratiniai poslinkiai krašto gyvenime iškėlė viešumon Lietuvos gyvenimo tarpsnį, kuris sovietinės ideologijos buvo labiausiai iškraipomas ir įvairiai interpretuojamas – tai sovietų ir nacių okupacija, jų metu vykęs rezistencinis sąjūdis bei valstybės piliečių genocidas. Nuo 1989 m. muziejuje pradėta kaupti medžiaga apie genocidą ir rezistenciją. O atkūrus lietuvos nepriklausomybę ir medžiaga charakterizuojanti pokyčius įvairiose gyvenimo srityse.
Kaupiamas mokslinis fondas. Tai medžiaga surinkta išvykų , ekspedicijų metu, tyrinėjant archyvus. Mokslinį fondą galima būtų suskirstyti sekančiai: medžiaga apie atskirus asmenis, įžymius žmones, miestus ir vietoves, svarbesni istoriniai įvykiai.
Yra audio įrašų fondas, teminė istorinės medžiagos kartoteka.